Безусловно, сайты на Nginx работают на порядок шустрее, чем на Apache. Однако старый добрый Апач всегда можно подлампичить через файл .htaccess, чего не скажешь о энжинкс. Это существенный недостаток, так как без нормального построения seo url можно не достичь максимума от поисковой оптимизации ...